Vi khuẩn gây bệnh và các độc tố của chúng đều gây ảnh hưởng xấu đến chất lượng thực phẩm nhưng nói chung không gây ảnh hưởng nhiều đến chất lượng cảm quan như các vi nấm và độc tố vi nấm. Ví dụ như hải sản bị nhiễm Vibrio spp. rất khó để nhận diện và phân biệt với hải sản không nhiễm khuẩn về màu sắc, mùi vị, trạng thái; sản phẩm ngũ cốc bị nhiễm Salmonella không thay đổi trạng thái cảm quan nhiều so với sản phẩm ngũ cốc nhiễm các loài vi nấm và độc tố của chúng như aflatoxin, ochratoxin...Tuy nhiên, cũng có trường hợp cá biệt như vi khuẩn C. botulinum phát triển trong đồ hộp thực phẩm có thể gây phồng hộp[6].